Een van de aanvankelijk kleine werven aan het Rustenburg was in 1857 opgericht door Klaas Brouwer (1820-1874), dit is nu de oudste scheepswerf in de Zaanstreek.
Brouwer kwam uit Durgerdam, waar zijn voorouders al in de 17e eeuw de scheepsbouw uitoefenden. Op het Rustenburg kocht hij de bestaande helling van de weduwe G. van der Horst. Zijn zoon, Pieter Brouwer, zag in dat de bouw van grotere schepen op den duur betere mogelijkheden voor de werf bood. Dit was op het Rustenburg onmogelijk, omdat de Jaap Haversluis te beperkte doorvaartmogelijkheden bood. In 1892 kon de werf 'De Goede Hulp', de eerdere naam De Dageraad, van K. van der Horst aan de Hogendijk worden overgenomen. Twee naastgelegen werven, waaronder 'De Onderneming moesten kort daarna sluiten en werden eveneens overgenomen. Zo ontstond een grote werf aan de Hogendijk, terwijl Brouwer ook het werfje aan het Rustenburg in bedrijf hield.
Woensdag 20 juli 1921 werd aan de binnenwerf van de firma wed. K. Brouwer & Zn. te Zaandam het jacht 'Oranje II' te water gelaten worden. Dit jacht zou uitkomen in de wedstrijden om de One Ton Cup in Engeland, op 12 augustus en volgende dagen.
16 juli 1926 wordt op de scheepswerf van de firma de wed. K. Brouwer aan de Voorzaan het nieuw zesmeterjacht 'Sander' te water gelaten. Het is door de heer Brouwer naar eigen ontwerp gebouwd en zal de daaropvolgende week deelnemen aan de Kaagwedstrijden. Het jacht onderscheidt zich van de andere zesmeter-jachten doordat het iets korter en iets breder is en daardoor meer overeenkomt met het Amerikaanse type. Wat afwerking en bouw betreft, getuigde één van onze bekendste zesmeter-zeilers, dat dit het mooiste schip is dat tot dusverre te water werd gelaten. De heer P. Schoen, voorzitter van de Zaanlandsche Zeilvereniging roemde de grote durf van zijn medebestuurslid J. Brouwer, om dit schip voor eigen rekening en ontwerp te bouwen, vooral daar thans zoveel snelle zesmeter-jachten bij wedstrijden uitkomen.
Doordat de Zaanse scheepstimmerlui geen enkele ervaring hadden met de bouw van metalen schepen, trok Brouwer vakbekwaam personeel uit Zuid-Holland aan. Deze werknemers, merendeels uit Krimpen aan den IJssel, schoolden het Zaanse personeel. De werf van de Wed. K. Brouwer groeide en specialiseerde zich na de Eerste Wereldoorlog op de bouw van dekschuiten voor de lokale markt. Ze mochten niet groter zijn dan 40 à 50 ton, omdat ze anders niet in het Westzijderveld konden komen, terwijl juist daar de belangrijkste houthandels gevestigd waren.
Afgezien van het bouwen nam scheepswerf Brouwer ook het onderhoud en de reparatie van dekschuiten op zich. Tussen 1930 en 1965 had men regelmatig tussen de 400 en 500 in de Zaanstreek in gebruik zijnde dekschuiten en vletten in onderhoud. Na een periode met wisselende omzetten, veroorzaakt door schommelingen in het orderbestand en gebrek aan vakkundig personeel, groeide de Scheepswerf K. Brouwer bv zowel in omzet als in personeel.
In 1984 werd het ZSM-dok in de Achtersluispolder overgenomen. Eind 1989 hield de werf met 25 personeelsleden zich vooral bezig met het repareren en ombouwen van schepen voor de binnenvaart, de kleine handelsvaart en de visserij.
Sinds de zomer van 2011 is op de Zaanse Schans een geheel oorspronkelijke kuiperij ondergebracht in een scheepsloods, afkomstig van een werf aan het Rustenburg in Zaandam. Een scheepsbouwloods, een scheepshelling en een gemetselde stookplaats voor het verwarmen van pek. Daaruit bestaat het uit 1859 stammende werfje van de firma Wed. K. Brouwer dat aan het Rustenburg was ingericht voor de bouw en onderhoud van houten platbodems van veeboeren en houtzagerijen in het Westzijderveld.
De loods, die in 2009 grondig werd gerestaureerd, heeft een afmeting van 7,10 bij 17,10 meter en is rondom betimmerd met een getrapte weeg die zwart is geteerd. Een belangrijk kenmerk van een scheepsbouwloods is de uitneembare voorgevel om schepen door te laten. Opmerkelijk is de afwijkende fundering die niet zoals gebruikelijk bestaat uit gemetselde poeren, maar uit een opeenstapeling van lagen hout onder elke stijl.
Anno 2016 beschikt het bedrijf over drie scheepswerven, gelegen aan de Isaac Baart- en Dirk Metselaarshaven met ieder een eigen identiteit. In de Isaac Baarthaven bevindt zich het hoofdkantoor alsook een vast gegraven dok van maximaal 96 meter dat, evenals de overige vestigingen, aan de huidige veiligheids- en milieuvereisten voldoet.
Ook is ingezet op Maatschappelijk Verantwoord Ondernemen en wordt duurzaamheid zeer scherp in de gaten gehouden. In 2013 is de Carbon CO2 Footprint voor de energielabels van de scheepswerf ontvangen.
Scheepswerf Brouwer is eveneens specialist in het jaarlijks- en periodiek onderhoud van schepen. Hiervoor zijn vier hellingbanen beschikbaar. Niet alleen wat betreft overdekte hellingen tot maximaal 40 meter, maar zeker ook wat betreft de locatie, die vanuit Amsterdam alsook IJmuiden makkelijk is te bereiken.
24-uur service Scheepswerf Brouwer is 24 uur per dag beschikbaar. In geval van acute problemen wordt direct plaats in één van de dokken of hellingen gemaakt. Materialen en onderdelen liggen vrijwel altijd op voorraad.